Penelitian ini dilakukan untuk mengkaji penerapan Manajemen Berbasis Sekolah (MBS) beserta berbagai permasalahan pembelajaran yang terjadi di kelas III A SD Negeri 5 Kampung Baru. Penelitian menggunakan pendekatan kualitatif dengan jenis studi kasus. Pengumpulan data dilakukan melalui wawancara secara mendalam kepada kepala sekolah dan guru wali kelas III A. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa kepala sekolah telah melaksanakan tugasnya secara optimal sebagai manajer, inovator, sekaligus fasilitator melalui pelaksanaan MBS dan supervisi akademik di sekolah. Meskipun demikian, masih ditemukan beberapa kendala dalam proses pembelajaran, yaitu: (1) tingkat disiplin siswa yang masih rendah, (2) suasana kelas yang belum sepenuhnya kondusif, serta (3) kesulitan peserta didik dalam menyesuaikan diri terhadap materi pelajaran yang semakin kompleks. Berdasarkan temuan tersebut, penelitian ini menyarankan penerapan pembelajaran berdiferensiasi, penguatan karakter melalui kegiatan pembiasaan, dan penggunaan metode pembelajaran yang lebih aktif serta inovatif. Hasil penelitian diharapkan dapat menjadi bahan pertimbangan dalam meningkatkan pengelolaan pendidikan, khususnya di tingkat sekolah dasar.