Tujuan penelitian adalah untuk mengetahui pengaruh dosis pupuk organik terhadap kadungan fenolik dan flavonoid biji tanaman kedelai yang diasosiasikan dengan Synechococcus sp. Penelitian dirancang secara acak kelompok yang terdiri atas 2 faktor. Faktor pertama adalah dosis pupuk organik yang terdiri atas 0; 200; 400 dan 800 kg/ha. Faktor kedua adalah inokulasi bakteri yang terdiri atas tidak diinokulasi dan diinokulasi Synechococcu ssp. Masing-masing kombinasi perlakuan diulang sebanyak lima kali. Parameter utama yang diamatiĀ adalah kadar total fenolik (mg GAE/100 mg) dengan metode Folin-Ciacalteu (Nantitanon, et.al., 2010) dan kadar flavonoid (mg/g GAE). Nilai rerata masing-masing kombinasi perlakuan dibedakan berdasarkan nilai simpangan baku rata-rata nyataatau SEM (Standard Errror Means). Hasil penelitian menunjukkan bahwain okulasi Synechococcus sp. pada tanaman kedelai dapat meningkatkan kadar total fenolik rata-rata sebesar 78% dan kadar flavonoid sebesar 75%; seiring dengan bertambahnya dosis pupuk organik yang diaplikasikan kedalam media.Kata Kunci : Fenolik, flavonoid, kedelai, pupuk organik, Synechococcus sp.