Salah satu hal yang menjadi hambatan bagi pendidikan Islam dalam berperan aktif untuk menyumbang ilmu pengetahuan bagi masyarakat adalah karena PAI dianggap sebagai materi pelajaran yang terlalu normatif. Oleh karena itu PAI sebagai ilmu pengetahuan harus mengambil jalan sendiri agar memiliki identitas jelas, memiliki ciri khas tersendiri, dan memiliki kemandirian. Pendidikan Agama Islam adalah usaha sadar untuk menyiapkan siswa agar mampu memahami (knowing), terampil melaksanakan (doing), dan mengamalkan (being) agama Islam melalui kegiatan pendidikan. Pendidikan Islam harus memiliki corak tersendiri dan tidak dibayang-bayangi oleh pendidikan umum. Oleh karena itu PAI sebagai salah satu pilar Pendidikan perlu mengadakan pembenahan kurikulum, pembenahan yang utama dan pertama bukan pada pembenahan materi/muatan pelajaran namun pada konsep dan tujuan sebagai penyemangat generasi muda untuk mengembangkan ilmu pengetahuan umum. salah satu langkah konkrit untuk menghadapi persaingan global adalah umat Islam harus mendirikan lembaga atau badan riset (penelitian) dalam bidang ilmu pengetahuan umum (pengetahuan alam dan sosial). Langkah selanjutnya adalah mengadakan penerjemahan-penerjamahan teks-teks barat yang dinilai bermanfaat bagi perkembangan ilmu pengetahuan. Setelah itu adalah membentuk sistem pendidikan Islam yang integral baik secara konsep, kurikulum, maupun kelembagaan (lembaga saling tukar menukar ilmu pengetahuan).