Kedelai merupakan komoditas aneka kacang nomor satu di Indonesia. Kedelai digunakan sebagai bahan baku pembuatan tempe dan susu kedelai. Kandungan protein yang tinggi dan cita rasa yang enak pada olahan tempe menyebabkan komoditas ini, masih menjadi bahan baku utama. Produktifitas kedelai dapat terhambat oleh pengaruh faktor biotik, seperti serangan jamur patogen. Phakopsora pachyrhizi merupakan patogen penting pada tanaman kedelai dan menyebabkan penyakit karat. Infeksi patogen ini menyebabkan tanaman menguning dan menua dini, sehingga berpengaruh terhadap pembentukan polong dan biji. Penelitian ini menggunakan lima puluh varietas kedelai untuk melihat respon ketahanan varietas terhadap infeksi patogen. Infeksi dilakukan secara alami di lahan endemik penyakit karat pada awal musim kemarau. Pengamatan terdiri dari gejala, skroring serangan dan penentuan kriteria ketahanan menggunakan metode IWGSR. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat dua puluh tujuh varietas yang memiliki tipe ketahanan rentan, dua varietas menunjukkan respon agak rentan, sembilan varietas menunjukkan respon agak tahan, dan dua belas varietas menunjukkan respon tahan. Varietas yang menunjukkan respon tahan adalah varietas kawi, mutiara 3, wilis, gepak kuning, dena 2, menyapa, detam 2, merbabu, argopuro, slamet dan pangorango. Informasi ini dapat menjadi salah satu pertimbangan dalam pemilihan tetua untuk perakitan varietas kedelai yang tahan penyakit karat daun.