Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui Pengaruh Penggunaan Model Pembelajaran Guided Inquiry Berbantuan Modul pada Materi Sistem Reproduksi terhadap Kemampuan Berpikir Kritis Siswa Kelas XI IPA SMA Negeri 2 Kupang Tahun Ajaran2019/2020. Jenis penelitian ini adalah penelitian kuantitatif dengan menggunakan metode eksperimen semu (Quasi Eksperimen Design). Desain penelitian yang digunakan adalah Pretest-Posttest Control Group Design. Teknik pengambilan sampel menggunakan Random Sampling. Instrumen yang digunakan adalah lembar observasi, tes dan angket, teknik analisis data menggunakan analisis deskriptif dan analisis inferensial. Hasil dari penelitian ini adalah kemampuan berpikir kritis siswa pada kelas eksperimen lebih tinggi dari pada kelas kontrol yaitu diperoleh nilai rata-rata 80,83 sedangkan pada kelas kontrol diperoleh rata-rata 76,71. Sehingga dapat disimpulkan bahwa ada pengaruh penerapan model pembelajaran inkuiri terbimbing (guided inquiry) berbantuan modul pada materi sistem reproduksi terhadap kemampuan berpikir kritis siswa kelas XI IPA SMA Negeri 2 Kupang