Dalam pengoperasian PLTU Paiton menghasilkan limbah dari hasil pembakaran batubara sebagai bahan bakar untuk dapat menghasilkan tenaga listrik. Limbah dari batubara yang berupa flying ash – bottom ash tidak diizinkan untuk langsung dibuang, limbah ini terlebih dahulu harus diolah agar tidak mencemari lingkungan karena limbah ini dulunya tergolong ke dalam B3. Pada kondisi eksisting limbah dari batubara PLTU Paiton diolah di tempat pengolahan limbah yang berada di daerah Cileungsi, Jawa Barat. Limbah ini diangkut dengan menggunakan truk dari PLTU Paiton, Probolinggo menuju ke Cileungsi, Jawa Barat. Penggunaan truk untuk mengangkut limbah Batubara ini dinilai kurang efektif dari segi biaya maupun lingkungan. Selain itu juga penggunaan truk dengan muatan yang banyak dapat menambah beban jalan serta menimbulkan polusi berbahaya. Penggunaan truk dapat digantikan dengan kapal maupun tongkang untuk mengangkut limbah tersebut. Penggunaan alat transportasi laut ini diharapkan nantinya dapat mengangkut lebih banyak limbah dalam satu kali pengangkutan dan juga dapat mengurangi beban jalan. Berdasarkan hasil analisis yang telah dilakukan diperoleh unit biaya minimum yaitu pada opsi pengiriman limbah dengan menggunakan kapal Ocean Going dengan unit biaya sebesar Rp. 267.719 /ton dengan sewa kapal Time Charter Hire. Sedangkan unit biaya termahal adalah jika melakukan pengiriman limbah menggunakan truk dengan jalur tidak melewati tol dengan unit biaya sebesar Rp. 885.564 /ton.