Implementasi pengendalian internal di perguruan tinggi Islam memainkan peran penting dalam memastikan tata kelola yang akuntabel, transparan, dan sesuai dengan prinsip syariah. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis praktik pengendalian internal berbasis syariah di perguruan tinggi Islam, mengidentifikasi tantangan yang dihadapi, serta memberikan rekomendasi strategis. Dengan pendekatan kualitatif dan metode studi kasus, penelitian ini mengumpulkan data melalui wawancara mendalam, observasi, dan analisis dokumen. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penerapan pengendalian internal berbasis syariah menghadapi beberapa kendala, seperti keterbatasan sumber daya manusia yang kompeten, kurangnya dukungan sistem teknologi, dan minimnya kesadaran terhadap pentingnya nilai-nilai syariah dalam tata kelola. Sebagai solusi, diperlukan pelatihan berkelanjutan, integrasi teknologi berbasis syariah, serta penguatan budaya organisasi yang religius. Penelitian ini memberikan kontribusi signifikan dalam pengembangan model pengendalian internal yang tidak hanya efektif tetapi juga selaras dengan nilai-nilai Islam.