Infeksi pathogen baik bakterian maupun virus merupakan tantang terbesar dalam industry Akuakultur di dunia. Untuk itu pemahaman akan mekanisme infeksi maupun resistensi terhadap pathogen perlu ditingkatkan agar dapat dijadikan dasar dalam menyelesaikan tantanngan tersebut. Transkriptomik merupakan metode yang dapat memuat semua gen yang terekpresi dalam regulasi tertentu, dalam analisa transkriptomik banyak digunakan rna-seq karena efektifitas dan akurasinya. Saat ini transkriptomik banyak digunakan untuk mempelajari mekanisme sistem pertahanan tubuh dalam merespos infeksi dan resistensi ikan terhadap pathogen tertentu. Informasi transkriptomik tersebut sangat berguna untuk pengembangan metode diagnostic, peningkatan Kesehatan dan sekelsi strain yang memiliki ketahanan terhadap pathogen tertentu.