Penelitian bertujuan untuk mengetahui hubungan kekerabatan strain ikan Koi danikan Mas Majalaya menggunakan metode RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). DNA dari sampel ikan Koi (Kohaku, Tancho, Ogon, Asagi, danShiro), Majalaya, dan Patin diisolasi menggunakan metode CTAB. Amplifikasi DNA menggunakan primer OPA-2 (5’-TGCCGAGCTG -3’) dan OPA-3 (5’-AGTCAGCCAC -3’) setelah optimasi dari beberapa primer. Hasil penelitian menunjukan kekerabatan ikan Koi dengan ikan Mas Majalaya relatif dekat (indeks kesamaan 62%). Kekerabatan ikan Koi strain Kohaku, Tancho, Shiro menurut indeks kesamaan berkisar 48-55% dan Strain Koi Ogon dan Asagi memliki hubungan kekerabatan terdekat (indeks kesamaan 84%). Primer OPA-2 lebih sensitif untuk mendeteksi hubungan kekerabatan ikan Koi dan ikan Mas Majalaya.   Kata kunci : ideks kesamaan, ikan Koi, ikan mas Majalaya, kekerabatan  
                        
                        
                        
                        
                            
                                Copyrights © 2012