APLIKASI POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) KONVENSIONAL DAN REAL TIME PCR UNTUK DETEKSI WHITE SPOT SYNDROME VIRUS PADA KEPITING

Rina Novita Pranawaty (Alumni Fakultas Perikanan dan ilmu kelautan Universitas Padjadjaran)
Ibnu Dwi Buwono (Staf Dosen Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran)
Evi Liviawaty (Staf Dosen Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran)

Jurnal Perikanan Kelautan
Vol 3, No 4 (2012)

Penelitian ini bertujuan untuk mencari metode deteksi White Spot Syndrome Virus yang terbaik pada kepiting sebagai carrier WSSV yang menginfeksi udang windu dengan menggunakan PCR Konvensional dan Real Time PCR. Penelitian ini menggunakan metode survei dengan analisis deskriptif kualitatif. Sampel kepiting diperoleh dari tambak udang windu di Kecamatan Pasekan dan Karangsong, Kabupaten Indramayu. Isolasi DNA menggunakan Kit Wizard Genomic DNA Purification (Promega), yang dilanjutkan dengan amplifikasi dan elektroforesis (PCR konvensional) serta kuantifikasi amplifikasi tanpa elektroforesis (real time PCR). Hasil penelitian menunjukkan 12 sampel positif WSSV terdeteksi dengan real time PCR, dibandingkan dengan PCR konvensional yang hanya mendeteksi 7 sampel positif WSSV dari total 14 sampel uji. Hal ini membuktikan Real Time PCR lebih mampu mendeteksi keberadaan WSSV pada kepiting tanpa gejala klinis dibandingkan dengan PCR konvensional.