Analisis Molecular Docking Senyawa Garcinia Mangostana L Sebagai Kandidat Anti SARS-CoV-2

Suci Ramda Rena (University of Jambi)
Nurhidayah Nurhidayah (University of Jambi)
Rustan Rustan (University of Jambi)

Jurnal Fisika Unand
Vol 11 No 1 (2022)

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi dari senyawa-senyawa alami Garcinia mangostana L. atau kulit manggis sebagai kandidat anti-SARS-CoV-2 dengan menghambat main protease (MPro) COVID-19. Dalam penelitian ini digunakan metode molecular docking dengan program Autodock Vina dan di-visualisasi-kan dengan program Discovery Studio. Kemampuan inhibitor dinilai berdasarkan energi bebas ikatan (ΔG), Konstanta inhibisi (Ki), kompleks ligan-reseptor dan ikatan hidrogen. Validasi dilakukan dengan re-docking ligan alami X77 terhadap protein target (6W63) dengan hasil RMSD 1.082 Å. Simulasi docking dari 3 ligan uji diperoleh 1 senyawa dengan afinitas terbaik yang menghasilkan ΔG = -7.8 kcal/mol dan Ki = 1,91 µM. Berdasarkan hasil penelitian, diantara ligan uji senyawa beta-mangostin paling berpotensi sebagai kandidat anti-SARS-CoV-2 dengan afinitas terbaik.