Prosiding University Research Colloquium
Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)

Docking Molekular Patikan Kebo (Euphorbia hirta) dan Adas Bintang (Anisi stellati) sebagai penghambat sintase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat dengan bantuan PyRx-vina

Rinna Agustina (Universitas Muhammadiyah Surakarta)
Broto Santoso (Universitas Muhammadiyah Surakarta)



Article Info

Publish Date
21 Feb 2018

Abstract

Tuberkulosis disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis dan angkakejadian di negara berkembang dan berpenghasilan rendah mencapai95 % dan di Indonesia, didapati 60% dari total prevalensi dengan laju1 juta kasus tiap tahunnya. Potensi antituberkulosis pada senyawaalam dari adas bintang dan patikan kebo telah dilaporkan efektif.Penambatan senyawa dilakukakan terhadap sintase 1-deoksi-Dksilulosa-5-fosfat (2Y1D,3ZHZ) yang merupakan protein yangmemiliki ikatan target dengan M. tuberkulosis. Pemisahan protein danligan menggunakan Chimera-OpenBabel. Besaran interaksi liganproteinberdasarkan nilai binding affinity yang diperoleh dari PyRxVina-AutoDock. Interaksi protein-ligan divisualisasi dengan PLIP(Protein-Ligan Interaction Profiler) dan PyMOL. Penelitian inibertujuan untuk mengetahui potensi anti-tuberkulosis berdasarkanjenis ikatan yang timbul dari interaksi terbaik ligan-protein dan nilaibinding affinity. Hasil docking menunjukkan ligan native 2YID dan3ZHZ memiliki binding affinity sebesar -7,5 dan -11 kkal/mol. Hasilini menunjukkan bahwa senyawa terbaik patikan kebo dan adasbintang memiliki nilai yang lebih rendah untuk kedua protein secaraberurutan adalah -5,1; -7,4; -4,1; dan -7,1 kkal/mol. Lisin, serin,treonin, glisin, dlutamin, dan asparagin merupakan residu asam aminoyang menyebabkan interaksi hidrogen antara ligan-protein. Hal inimemperlihatkan bahwa ligan patikan kebo dan adas bintang diprediksikurang berpotensi sebagai penghambat sintase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat .

Copyrights © 2018






Journal Info

Abbrev

proceeding

Publisher

Subject

Humanities Computer Science & IT Environmental Science Law, Crime, Criminology & Criminal Justice Medicine & Pharmacology

Description

University Research Colloquium (URECOL) merupakan forum seminar nasional yang memberikan kesempatan untuk diseminasi, diskusi, dan mendapatkan follow up atas luaran penelitian maupun pengabdian kepada ...