Pengaruh Residu Fleksibel terhadap Nilai Afinitas Ikatan Protein dengan Ligan Native-nya menggunakan PyRx-vina

Broto Santoso (Universitas Muhammadiyah Surakarta)

Prosiding University Research Colloquium
Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Bidang MIPA dan Kesehatan

Komputasi dockingsudah menjadi teknik alternatif yang membantumempercepat proses penemuan obat baru dalam bidang KimiaMedisinal. Hasil kajian sebelumnya menyatakan bahwa penentuanvolume gridbox dalam metode in silico menjadi kunci suksespendekatan komputasi. Penelitian ini ditujukan untuk menilaipengaruh residu fleksibel protein terhadap nilai afinitas ikatanprotein-ligan.Sejumlah 32 protein terpilih yang berasal dariMycobacterium tuberculosistelah diunduh dari www.rcsb.org,dilakukan preparasi, docking molekular dan interaction profilingmenggunakan software Chimera, PyRx-vina, PLIP dan PyMOL.Docking residu fleksibel telah berhasil dilakukan terhadap 97%protein karena terdapat satu protein yang tidak selesai proseskomputasinya. Residu fleksibel berhasil memberikan peningkatanafinitas ikatan pada 44% protein target sedangkan 17 diantaranyabelum menunjukkan adanya perbedaan dibandingkan nilai dasarnya.Hasil ini memperlihatkan bahwa selain penentuan volume gridbox,pemilihan dan pemanfaatan residu aktif menjadi fleksibel selamakomputasi akan memperpendek jarak pembeda antara prediksi dannilai sesungguhnya. Kajian berikutnya yang penting untukdieksplorasi adalah seberapa besar pengaruh dan hubungan antarapemilihan residu fleksibel dengan deskriptor ligan native atau ligantarget.