ANALISIS GENETIKA MOLEKULER KUDA SUMBA BERDASARKAN URUTAN D-LOOP MITOKONDRIA

Yuriadi Y (Bagian Ilmu Penyakit Dalam Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta)
Rini Widayanti (Laboratorium Biokimia Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta)
Tunas Artama (Laboratorium Patologi Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta)

Jurnal Kedokteran Hewan
Vol 8, No 1 (2014): March

Penelitian ini bertujuan mengkaji daerah nonkoding (D-loop) deoxyribonucleic acid (DNA) mitokondria kuda sumba. Tiga sampel darah kuda Sandel Wood dari Kabupaten Sumba Timur digunakan untuk isolasi DNA. Produk isolasi DNA diamplifikasi pada daerah D-loop parsial mitokondria dengan metode PCR, primer ECLOOP forward 5’-CGCACATTACCCTGGTCTTG-3’ dan primer ECLOOP reverse 5’GAACCAGATGCCAGGTATG-3’, pada kondisi predenaturasi 94° C selama 5 menit, denaturasi 94° C selama 30 detik, annealing 56° C selama 30 detik, elongation 72° C selama 45 detik, dan post elongation 72° C selama 5 menit sebanyak 35 siklus. Reaksi polymerase chain reaction (PCR) menghasilkan produk sepanjang 492 bp kemudian dilakukan pengurutan. Produk pengurutan D-loop dibandingkan dengan spesies kuda lain dari Genbank dan dianalisis menggunakan MEGA versi 4.1. Hasil analisis diperoleh 66 situs nukleotida yang berbeda. Urutan nukleotida D-loop yang dianalisis menggunakan Kimura 2- parameter ditemukan nilai paling kecil 0% dan nilai paling besar 2,9%. Konstruksi pohon filogenetika menggunakan metode neighbour joining dengan nilai bootstrap 1000 kali menunjukkan hubungan kekerabatan yang sangat dekat di antara kuda Sandel Wood. Artinya kuda Sandel Wood 2, 3, dan 4 berasal dari satu keturunan.