Prosiding University Research Colloquium
Proceeding of The 7th University Research Colloquium 2018: Mahasiswa (student paper presentation)

Docking Molekular Patikan Kebo (Euphorbia hirta) dan Adas Bintang (Anisi stellati) sebagai penghambat sintase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat dengan bantuan PyRx-vina

Agustina, Rinna (Unknown)
Santoso, Broto (Unknown)



Article Info

Publish Date
21 Feb 2018

Abstract

Tuberkulosis disebabkan oleh Mycobacterium tuberculosis dan angkakejadian di negara berkembang dan berpenghasilan rendah mencapai95 % dan di Indonesia, didapati 60% dari total prevalensi dengan laju1 juta kasus tiap tahunnya. Potensi antituberkulosis pada senyawaalam dari adas bintang dan patikan kebo telah dilaporkan efektif.Penambatan senyawa dilakukakan terhadap sintase 1-deoksi-Dksilulosa-5-fosfat (2Y1D,3ZHZ) yang merupakan protein yangmemiliki ikatan target dengan M. tuberkulosis. Pemisahan protein danligan menggunakan Chimera-OpenBabel. Besaran interaksi liganproteinberdasarkan nilai binding affinity yang diperoleh dari PyRxVina-AutoDock. Interaksi protein-ligan divisualisasi dengan PLIP(Protein-Ligan Interaction Profiler) dan PyMOL. Penelitian inibertujuan untuk mengetahui potensi anti-tuberkulosis berdasarkanjenis ikatan yang timbul dari interaksi terbaik ligan-protein dan nilaibinding affinity. Hasil docking menunjukkan ligan native 2YID dan3ZHZ memiliki binding affinity sebesar -7,5 dan -11 kkal/mol. Hasilini menunjukkan bahwa senyawa terbaik patikan kebo dan adasbintang memiliki nilai yang lebih rendah untuk kedua protein secaraberurutan adalah -5,1; -7,4; -4,1; dan -7,1 kkal/mol. Lisin, serin,treonin, glisin, dlutamin, dan asparagin merupakan residu asam aminoyang menyebabkan interaksi hidrogen antara ligan-protein. Hal inimemperlihatkan bahwa ligan patikan kebo dan adas bintang diprediksikurang berpotensi sebagai penghambat sintase 1-deoksi-D-ksilulosa-5-fosfat .

Copyrights © 2018






Journal Info

Abbrev

proceeding

Publisher

Subject

Humanities Computer Science & IT Environmental Science Law, Crime, Criminology & Criminal Justice Medicine & Pharmacology

Description

University Research Colloquium (URECOL) merupakan forum seminar nasional yang memberikan kesempatan untuk diseminasi, diskusi, dan mendapatkan follow up atas luaran penelitian maupun pengabdian kepada ...