Metode CRISPR/CAS dan Minimalisasi Off-Target: Review

Sophia Sophia (Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor)
Muhammad Antony (Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor)
Muh Aswad Ashan (Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor)
Hafizh Fadhullah (Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor)
Rika M Jannah (Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor)

Agriculture and Biological Technology
Vol. 1 No. 1 (2023): Desember

Aplikasi bioteknologi dengan pendekatan rekayasa genetika seperti genome editing berhasil dalam memperbaiki sifat tanaman dengan tujuan meningkatkan kualitas hasil. Keberhasilan CRISPR/Cas9 untuk memodifikasi genom dengan presisi yang belum pernah terjadi sebelumnya dapat disebabkan oleh akurasi, efisiensi, efektivitas biaya, dan kemudahan penggunaan. Mekanisme pengeditan genom CRISPR/Cas9 adalah memanipulasi gen dengan cara menyisipkan, mengganti, menghapus satu basa atau lebih pada sekuen tertentu. Oleh karena adanya penyisipan atau pergantian gen tersebut, metode CRISPR/Cas dapat menyebabkan efek di luar target (off-target) yang merusak pada tingkat genomik. Artikel ini membahas perkembangan CRISPR/Cas9, mekanisme CRISPR/Cas9, dan metode minimalisasi off-target yang sering terjadi pada sistem CRISPR/Cas9. Metode dalam meminimalisir off-target dari penggunaan CRISPR/Cas9 dapat dilakukan melalui beberapa cara yaitu: (1) modifikasi sgRNA terkait konten GC sgRNA, panjang sgRNA, truncated gRNA, modifikasi kimia sgRNA, dan modifikasi sgRNA in silico, (2) modifikasi protein Cas, dan (3) metode delivery CRISPR