Eksplorasi Jenis dan Potensi DNA Barcode Anggrek Thrixspermum Secara In Silico

Siti Rohimah
Luluk Mukarramah (Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember)
Vita Sindiya (Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember)
Veren Yuliana, S. (Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember)
Gita Ayu, K. (Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Jember)
Mukhamad Su’udi

Jurnal Biodjati
Vol 3, No 2 (2018): November

Thrixspermum merupakan anggrek yang memiliki ciri khas berbunga dalam waktu yang singkat. Akibatnya, dalam pengklasifikasian menggunakan morfologi cenderung sulit untuk dilakukan. Sehingga perlu adanya pengklasifikasian menggunakan cara alternatif misalnya dengan marka molekuler menggunakan DNA. Tujuan dari penelitian ini adalah mencari barkode DNA dari beberapa spesies Thrixspermum yang ada pada GenBank NCBI. Berdasarkan data dari NCBI, hanya terdapat 19 spesies dari genus Thrixspermum yang telah diteliti sekuennya. Dari total 19 spesies tersebut, setelah dilakukan pensejajaran sekuen menunjukkan bahwa pada lokus matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang tinggi, sementara pada lokus ITS menunjukkan lebih banyak variasi genetik. Terdapat dua spesies yakni T. annamense dan T. marguense yang berpotensi memiliki barcode pada lokus ITS. Selain itu, didapatkan pohon filogenetik dari 19 spesies Thrixspermum yang telah diketahui senkuennya pada NCBI.