Pengambilan keputusan operasional yang efektif merupakan faktor kunci keberhasilan perusahaan distribusi, namun penerapannya di wilayah terpencil dengan infrastruktur terbatas masih kurang dieksplorasi dalam literatur manajemen operasi. Penelitian ini bertujuan menganalisis dan membandingkan pengambilan keputusan operasional berbasis manajemen operasi pada perusahaan distribusi bahan bangunan antara Pulau Papua (Wamena) dan Pulau Jawa. Penelitian menggunakan pendekatan kualitatif dengan desain comparative case study. Informan dipilih melalui teknik purposive sampling dengan total 13 informan dari dua perusahaan, terdiri atas pimpinan operasional, kepala gudang, staf administrasi, dan koordinator logistik. Data dikumpulkan melalui wawancara mendalam semi-terstruktur, observasi lapangan, dokumentasi, dan Focus Group Discussion (FGD), kemudian dianalisis menggunakan model interaktif Miles, Huberman, dan Saldana dengan triangulasi sumber. Hasil penelitian menunjukkan bahwa perusahaan di Papua menghadapi inefisiensi sistemik pada lima dimensi operasional yang dikaji, yaitu manajemen stok, pengelolaan gudang, implementasi SOP, kesiapan SDM, dan koordinasi logistik, akibat ketidakpastian lead time transportasi udara dan absennya formalisasi prosedur; sementara perusahaan di Jawa menunjukkan kapabilitas operasional yang lebih matang karena ditopang infrastruktur logistik darat yang lebih stabil. Penelitian ini menegaskan bahwa konteks geografis berfungsi sebagai determinan struktural yang memoderasi efektivitas penerapan prinsip manajemen operasi, dan berkontribusi pada pengembangan kerangka manajemen operasi adaptif berbasis konteks untuk wilayah terpencil di Indonesia