Pendidikan Islam di Indonesia menghadapi tantangan signifikan dalam membentuk karakter siswa yang tidak hanya unggul secara kognitif, tetapi juga memiliki nilai-nilai afektif yang kuat. Pesantren sebagai institusi pendidikan Islam tertua di Indonesia memiliki potensi besar dalam membangun dimensi afektif siswa melalui pendekatan manajemen mutu yang terintegrasi. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh implementasi manajemen mutu pendidikan Islam berbasis pesantren terhadap peningkatan nilai afektif siswa. Metode yang digunakan adalah kuasi-eksperimental dengan desain pre-test dan post-test pada dua kelompok, yaitu kelompok eksperimen yang menerapkan manajemen mutu berbasis pesantren dan kelompok kontrol yang menggunakan pembelajaran konvensional. Subjek penelitian terdiri atas 70 siswa Madrasah Aliyah yang dipilih secara purposive sampling. Data dikumpulkan melalui angket terstruktur, observasi, dan dokumentasi, kemudian dianalisis menggunakan uji-t berpasangan dan uji beda rata-rata antar kelompok. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kelompok eksperimen mengalami peningkatan nilai afektif yang signifikan pada aspek religiusitas, kejujuran, tanggung jawab, dan kedisiplinan dibandingkan kelompok kontrol. Rata-rata skor afektif kelompok eksperimen meningkat sebesar 21,4% dari kondisi awal, sedangkan kelompok kontrol hanya meningkat 5,7%. Temuan ini mengindikasikan bahwa pendekatan manajemen mutu berbasis pesantren yang holistik, mencakup pengelolaan kurikulum tersembunyi, budaya pesantren, dan pembinaan akhlak secara konsisten, terbukti efektif dalam membentuk karakter afektif siswa. Penelitian ini memberikan kontribusi teoritis dan praktis bagi pengembangan model pendidikan Islam yang berorientasi pada pembentukan karakter.