Artikel ini mengupas peran Pengadilan Militer II-11 Yogyakarta guna membantu pembaca memahami struktur organisasinya serta cara lembaga tersebut menjalankan misinya. Karena perannya yang meluas melampaui sekadar penyelesaian perkara, sebuah pengadilan militer memerlukan tata kelola kelembagaan yang kuat untuk memfasilitasi administrasi perkara, pelayanan publik, pengawasan internal, serta tugas-tugas manajemen. Oleh karena itu, isu ini sangat penting. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif deskriptif melalui analisis dokumen dan pengamatan selama magang. Untuk studi ini, kami meneliti dokumen resmi, undang-undang, dan peraturan, serta mengamati bagaimana berbagai departemen di dalam lembaga tersebut bekerja sama untuk menyelesaikan tugas. Temuan menunjukkan bahwa struktur organisasi Pengadilan Militer II-11 Yogyakarta memungkinkan pembagian tugas, modernisasi layanan, akuntabilitas, dan pengawasan. Hakim menjalankan tugas yudisial secara independen; panitera membantu dalam administrasi perkara dan prosedur persidangan; dan unsur kepemimpinan mengarahkan serta mengawasi kinerja lembaga. Sekretariat bertanggung jawab atas urusan yang berkaitan dengan sumber daya manusia, keuangan, perencanaan, fasilitas, dan teknologi informasi. Pengadilan ini memiliki yurisdiksi atas Daerah Istimewa Yogyakarta dan sebagian Jawa Tengah; oleh karena itu, sistem harus ditetapkan dengan jelas agar dapat melaksanakan tugas-tugas tingkat pertama secara kompeten, bertanggung jawab, dan sistematis. Makalah ini menyimpulkan bahwa struktur organisasi yang fungsional meningkatkan keadilan militer dengan mengintegrasikan fungsi administratif dan yudisial.