Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis secara komprehensif problematika paling aktual dan substantif dari Pendidikan Agama Islam (PAI) di era kontemporer serta merumuskan strategi intervensi yang efektif diiringi inovasi program pedagogis. Transisi cepat menuju era Society 5.0 telah mendisrupsi paradigma pendidikan tradisional, menghadapkan PAI pada tantangan kompleks seperti relevansi kurikulum, metode dogmatis konvensional, serta infiltrasi ideologi digital transnasional. Metode yang digunakan adalah pendekatan kualitatif deskriptif melalui studi pustaka (literature review) yang ekstensif, menganalisis artikel ilmiah mutakhir dan dokumen kebijakan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa PAI saat ini menghadapi krisis epistemologis di mana pendekatan tekstual normatif gagal membekali peserta didik dengan kompetensi kritis abad ke-21. Studi ini menyimpulkan bahwa pemecahan masalah tersebut menuntut pendekatan jalur ganda: intervensi tingkat makro yang berfokus pada perombakan kurikulum sistemik, dan intervensi tingkat mikro yang menekankan kualitas guru serta kepemimpinan berbasis kebaikan (kindness-based leadership). Lebih jauh, integrasi inovasi program seperti Project-Based Learning (PjBL) dan digitalisasi pembelajaran (blended learning) terbukti efektif mentransformasi PAI dari mata pelajaran pasif menjadi disiplin ilmu yang aplikatif, kontekstual, dan mendalam. Pada akhirnya, strategi-strategi ini sangat vital untuk menciptakan lulusan melek digital yang memiliki kecerdasan spiritual tangguh, kesadaran ekologis, dan keterampilan berpikir kritis yang adaptif.