Tuberkulosis (TB) masih menjadi masalah kesehatan utama di Indonesia sehingga diperlukan metode diagnosis yang cepat dan akurat untuk mendukung upaya pengendalian penyakit. Tujuan penelitian ini untuk menganalisis akurasi dan kesesuaian diagnostik pemeriksaan mikroskopis Basil Tahan Asam (BTA) dan Tes Cepat Molekuler (TCM) pada pasien suspek tuberkulosis. Penelitian ini merupakan penelitian observasional analitik dengan desain potong lintang yang menggunakan data sekunder dari 572 pasien suspek tuberkulosis yang menjalani pemeriksaan selama periode Januari–Desember 2024 di RSUP Fatmawati, Jakarta Selatan. Analisis data meliputi uji Cohen’s Kappa untuk menilai tingkat kesesuaian antara pemeriksaan mikroskopis BTA dan TCM, uji McNemar untuk menguji perbedaan hasil berpasangan, serta evaluasi akurasi diagnostik berdasarkan sensitivitas, spesifisitas, nilai prediktif positif (PPV), dan nilai prediktif negatif (NPV) menggunakan Composite Reference Standard (CRS). Hasil penelitian menunjukkan bahwa proporsi hasil positif BTA sebesar 15,6%, sedangkan TCM sebesar 29,5%. Nilai kappa sebesar 0,61 menunjukkan tingkat kesesuaian yang substansial antara kedua metode. Uji McNemar menunjukkan adanya perbedaan yang bermakna antara hasil pemeriksaan BTA dan TCM (p < 0,001). Hasil evaluasi akurasi diagnostik menunjukkan bahwa mikroskopis BTA memiliki sensitivitas sebesar 52%, sedangkan TCM mencapai 100%. Kedua metode menunjukkan spesifisitas yang sama, yaitu sebesar 100%. Temuan ini menunjukkan bahwa TCM memiliki kemampuan deteksi yang lebih baik dibandingkan mikroskopis BTA, terutama pada pasien dengan jumlah kuman yang rendah. Oleh karena itu, integrasi kedua metode pemeriksaan berpotensi meningkatkan akurasi diagnosis tuberkulosis di fasilitas pelayanan kesehatan rujukan.