Kampung Hobong merupakan permukiman terapung di Danau Sentani, Distrik Sentani, Kabupaten Jayapura, yang menghadapi tantangan sanitasi karena pembuangan limbah domestik dilakukan langsung ke badan air. Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi kondisi eksisting sanitasi lingkungan, menganalisis pengaruhnya terhadap kualitas air Danau Sentani, serta merumuskan strategi pengelolaan sanitasi yang berkelanjutan. Penelitian menggunakan pendekatan mixed method dengan 48 responden di RW 1 Kampung Hobong yang dipilih secara purposive, dilengkapi uji laboratorium kualitas air pada tiga stasiun. Hasil menunjukkan bahwa skor perilaku hidup bersih dan sehat (PHBS) dan pengetahuan sanitasi masyarakat tergolong baik (masing-masing 84,4% dan 78,8% dari skor maksimal), namun hasil uji laboratorium menunjukkan parameter bakteriologis (E. coli dan total coliform) serta indikator pencemaran organik (BOD, COD, DO, amonium) melampaui baku mutu Permenkes No. 32 Tahun 2017 di seluruh stasiun. Uji korelasi Pearson menunjukkan peran pemerintah dan lembaga terkait memperoleh skor terendah (64,7%) dan berkorelasi kuat dengan partisipasi masyarakat (r = 0,803; p < 0,001), sehingga lemahnya dukungan kelembagaan menjadi faktor penghambat utama sanitasi berkelanjutan. Analisis SWOT dan kerangka Sanitation Safety Planning menghasilkan empat arah strategi: teknis, kelembagaan, pembiayaan, dan pemberdayaan masyarakat. Penelitian ini merekomendasikan penguatan infrastruktur dan kelembagaan sanitasi sebagai prioritas utama tanpa mengabaikan modal perilaku dan partisipasi sosial masyarakat Kampung Hobong.