Kabupaten Manggarai di Pulau Flores, Provinsi Nusa Tenggara Timur, memiliki pola iklim dengan musim hujan yang singkat namun berintensitas tinggi serta musim kemarau yang panjang, sehingga kawasan di sekitar Sungai Wae Pesi rentan mengalami banjir. Penelitian ini bertujuan menganalisis debit banjir rancangan Daerah Aliran Sungai (DAS) Wae Pesi menggunakan tiga metode Hidrograf Satuan Sintetik (HSS), yaitu SCS-CN, Snyder, dan Nakayasu, serta membandingkan hasil ketiganya. Analisis diawali dengan menentukan batas DAS menggunakan ArcGIS, dilanjutkan dengan perhitungan curah hujan rata-rata wilayah metode Poligon Thiessen, uji konsistensi data menggunakan metode Rescaled Adjusted Partial Sums (RAPS), uji kesesuaian data menggunakan Smirnov-Kolmogrov serta analisis frekuensi curah hujan menggunakan distribusi Generalized Extreme Value (GEV) melalui perangkat lunak Hydrognomon 4.0. Debit banjir rancangan metode SCS-CN dan Snyder dihitung menggunakan perangkat lunak HEC-HMS, sedangkan metode Nakayasu dihitung secara analitis. Hasil penelitian menunjukkan nilai curah hujan rancangan untuk kala ulang 2, 5, 10, 25, 50, 100, dan 500 tahun berturut-turut sebesar 72,1 mm; 93,5 mm; 109,6 mm; 132,2 mm; 150,9 mm; 171,3 mm; dan 226,0 mm, dengan nilai Curve Number (CN) gabungan DAS Wae Pesi sebesar 75,96. Debit puncak pada kala ulang 10 tahun diperoleh sebesar 1.104,10 m3/det (SCS-CN), 1.103,70 m3/det (Snyder), dan 1.110,03 m3/det (Nakayasu). Berdasarkan analisis terhadap debit rata-rata gabungan, metode SCS-CN menunjukkan standar deviasi terkecil pada sebagian besar kala ulang. Namun, berdasarkan perbandingan dengan studi empiris terdahulu di wilayah Nusa Tenggara Timur, metode Nakayasu ditetapkan sebagai acuan utama karena dinilai paling representatif terhadap karakteristik fisik DAS Wae Pesi, sedangkan metode SCS-CN dan Snyder digunakan sebagai pembanding ilmiah. Penelitian selanjutnya disarankan menggunakan data debit observasi lapangan (Automatic Water Level Recorder/AWLR) untuk kalibrasi agar diperoleh hasil yang lebih akurat.