Perkembangan teknologi digital telah meningkatkan penggunaan website sebagai sarana pelayanan publik oleh instansi pemerintah daerah. Namun, pertumbuhan ini tidak diimbangi dengan keamanan yang memadai, sehingga meningkatkan risiko serangan siber terhadap aplikasi website. Penelitian ini bertujuan untuk menguji keamanan website pada aplikasi instansi pemerintah daerah menggunakan metodologi Information Systems Security Assessment Framework (ISSAF) dan standar Open Web Application Security Project (OWASP) Top 10:2025. Pengujian dilakukan pada environment staging menggunakan OWASP ZAP untuk automated vulnerability scanning yang dikombinasikan dengan verifikasi manual. Hasil penelitian mengidentifikasi 17 temuan kerentanan yang terdiri dari 8 temuan kategori medium, 5 temuan kategori low, dan 4 temuan kategori informational. Kerentanan terbanyak berada pada kategori Security Misconfiguration dengan 10 temuan, diikuti kategori Broken Access Control, Injection, Insecure Design, Software and Data Integrity Failures, dan Mishandling of Exceptional Conditions masing-masing dengan 1 temuan. Tidak ditemukan kerentanan dengan tingkat keparahan high atau critical. Penelitian ini membuktikan efektivitas penerapan ISSAF dan OWASP Top 10:2025 dalam mengidentifikasi kerentanan keamanan pada aplikasi web secara sistematis. Rekomendasi perbaikan disarankan untuk meningkatkan postur keamanan, khususnya pada konfigurasi header, Content Security Policy, dan mekanisme input validation.