Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
0.444
P-Index
This Author published in this journals
All Journal BULETIN OSEANOGRAFI MARINA
Diah Ayuningrum
Departemen Sumber Daya Akuatik, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Diponegoro
Earth & Planetary Sciences

Published : 2 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 2 Documents
Search

 1 
Studi Molekuler dan Filogenetik Ascidian Kolonial Asal Perairan Pulau Tidung dan Pulau Pari Julia Lestari Arumsari; Diah Ayuningrum; Aninditia Sabdaningsih
Buletin Oseanografi Marina Vol 15, No 1 (2026): Buletin Oseanografi Marina
Publisher : Universitas Diponegoro

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.14710/buloma.v15i1.76536

Abstract

Ascidian merupakan biota bentik yang hidup menempel pada ekosistem terumbu karang. Permasalahan terbatasnya informasi tentang jenis ascidian di Kepulauan Seribu serta minimnya eksplorasi ascidian menjadikan penelitian tentang identifikasi ascidian penting untuk dilakukan. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui spesies ascidian kolonial dan kekerabatan antar spesies yang ditemukan di ekosistem terumbu karang Pulau Tidung dan Pulau Pari berdasarkan metode deskriptif eksploratif. Hasil penelitian menunjukkan lima spesies ascidian kolonial yang digunakan dalam penelitian ini berasal dari dua famili yang berbeda yaitu satu jenis Leptoclinides sp. dan tiga jenis Didemnum sp. yang berasal dari Famili Didemnidae; satu jenis  Aplidium sp. yang berasal dari Famili Polyclinidae. Berdasarkan proses identifikasi molekuler melalui proses optimasi volume DNA template dan suhu annealing, hanya satu dari lima sampel yang berhasil diamplifikasi menggunakan dua pasang primer yang berbeda. Sampel tersebut berkode PT02-02 (B) yang berasal dari Pulau Tidung dan diamplifikasi menggunakan primer Did forward  dan primer Did reverse. Hasil identifikasi spesies ascidian kolonial sampel PT02-02(B) memiliki query lenght sebesar 597 bp. Hasil BLAST pada website NCBI menunjukkan sampel PT02-02 (B) memiliki kemiripan dengan spesies Aplidium sp. dengan nilai Query Cover 98% dan Per. Ident 80,31%. Hasil filogenetik spesies Aplidium sp. dengan Aplidium accarense yang ditemukan di Laut Mediterania Timur menunjukkan nilai bootstrap sebesar 90%.  Ascidians are benthic organisms that live attached to coral reef ecosystems. The limited information available on ascidian species in the Thousand Islands and the lack of ascidian exploration make research on ascidian identification important to conduct. The objective of this study is to identify colonial ascidian species and their phylogenetic relationships found in the coral reef ecosystems of Tidung Island and Pari Island using an exploratory descriptive method. The results of the study showed that the five colonial ascidian species used in this study belonged to two different families: one species of Leptoclinides sp. and three species of Didemnum sp. from the Didemnidae family; and one species of Aplidium sp. from the Polyclinidae family. Based on molecular identification through optimization of DNA template volume and annealing temperature, only one of the five samples was successfully amplified using two pairs of different primers. The sample, coded PT02-02 (B), originated from Tidung Island and was amplified using the Did forward primer and Did reverse primer. The species identification results for the colonial ascidian sample PT02-02(B) had a query length of 597 bp. BLAST results on the NCBI website showed that sample PT02-02 (B) was similar to the species Aplidium sp. with a Query Cover value of 98% and Per. Ident 80.31%. The phylogenetic results of Aplidium sp. with Aplidium accarense found in the Eastern Mediterranean Sea showed a bootstrap value of 90%.
Identifikasi dan Analisis Filogenetik Gastropoda pada Ekosistem Mangrove Tapak Kota Semarang dengan Pendekatan DNA Barcoding Adella Friliana Rindyaneputri; Diah Ayuningrum; Sigit Febrianto; Max Rudolf Muskananfola
Buletin Oseanografi Marina Vol 14, No 2 (2025): Buletin Oseanografi Marina
Publisher : Universitas Diponegoro

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.14710/buloma.v14i2.63541

Abstract

Ekosistem mangrove memiliki berbagai peranan ekologis, salah satunya adalah sebagai habitat organisme gastropoda. Gastropoda ekosistem mangrove berperan sebagai bioindikator dan dekomposer. Identifikasi spesies gastropoda secara molekuler di kawasan mangrove penting dilakukan untuk mengetahui spesies-spesies gastropoda yang ditemukan secara akurat. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies gastropoda dan tingkat kekerabatannya di Kawasan Mangrove Desa Tapak Kecamatan Tugu Kota Semarang yang dilaksanakan pada bulan September - November 2023. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu deskriptif-kuantitatif. Pengambilan sampel penelitian dilakukan dengan metode purposive sampling. Penanda genetik yang digunakan dalam penelitian ini adalah gen Cytochrome Oxydase I (COI) dengan penyejajaran sekuens DNA menggunakan metode MUSCLE. Analisis filogenetik berbasis algoritma neighbor joining (NJ) 1000 bootstrap pada software MEGA X. Hasil identifikasi molekuler diperoleh bahwa sampel GT1 memiliki kemiripan sebesar 96,12% (Percent Identity) dengan Pirenella alata dan sampel GT2 sebesar 99,69% (Percent Identity) dengan Telescopium telescopium. Hasil analisis filogenetik menunjukkan kladogram kedua spesies ini terdapat pada klade yang berbeda. Klade I terdiri dari sampel GT1 beserta 4 spesies pembanding lainnya dalam 1 genus, yaitu Pirenella alata, Cerithidea microptera, Pirenella nanhaiensis, dan Pirenella incisa. Klade II terdiri dari sampel GT2 beserta 4 spesies pembanding lainnya yaitu Telescopium telescopium, Varicinassa variciferus, Laevilitorina caliginosa, dan Monoplex krebsii.  Mangrove ecosystem has many ecological roles, one is as gastropods habitat. Mangrove ecosystems gastropods act as bioindicators and decomposers. Gastropods mangroves areas molecular identification is important to accurately the types of gastropod species. This research aims to identify gastropods species and the relationship levels in the Mangrove Area of Tapak Village, Tugu District, Semarang conducted from September − November 2023. This research using descriptive-quantitative method. Research sampling using purposive sampling method. The genetic marker used in this research is the Cytochrome Oxydase I (COI) gene with DNA sequence alignment MUSCLE method. Phylogenetic analysis based on the neighbor joining (NJ) 1000 bootstrap algorithm in MEGA X. The results of molecular identification showed that GT1 sample had a similarity of 96.12% (Percent Identity) to Pirenella alata and GT2 sample was 99.69% (Percent Identity) similar to Telescopium telescopium. The results of the phylogenetic of two species analysis show that the cladograms are in different clades. Clade I consist of sample GT1 along with 4 other comparison species in 1 genus, namely Pirenella alata, Cerithidea microptera, Pirenella nanhaiensis, and Pirenella incisa. Clade II consists of sample GT2 along with 4 other comparison species, namely Telescopium telescopium, Varicinassa variciferus, Laevilitorina caliginosa, and Monoplex krebsii.
Co-Authors Adella Friliana Rindyaneputri Aninditia Sabdaningsih Julia Lestari Arumsari Max Rudolf Muskananfola Sigit Febrianto