Fenomena menurunnya kualitas moral di kalangan generasi muda semakin menegaskan perlunya penguatan pendidikan berbasis agama. Pondok pesantren menempati posisi penting sebagai lembaga yang berkontribusi dalam pembentukan karakter peserta didik melalui pembiasaan, pemberian teladan, pembinaan spiritual, serta penciptaan lingkungan pendidikan yang terintegrasi. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pembinaan karakter siswa berbasis pondok pesantren pada Madrasah Aliyah Pondok Pesantren Mujahidin, Ulumul Qur’an, dan Ahsanul Huda di Barito Kuala berdasarkan perspektif pendidikan karakter Thomas Lickona yang meliputi aspek moral knowing, moral feeling, dan moral action. Penelitian menerapkan pendekatan deskriptif kualitatif dengan metode field research. Data penelitian diperoleh melalui observasi, wawancara, dan dokumentasi yang melibatkan kepala madrasah, guru, pembina pesantren, dan siswa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pembinaan karakter dilakukan secara sistematis melalui integrasi pembelajaran agama, pembiasaan ibadah, keteladanan guru, kegiatan asrama, organisasi santri, serta pendekatan personal. Dimensi moral knowing terbentuk melalui pemahaman nilai-nilai Al-Qur’an, hadis, dan kajian keagamaan; moral feeling berkembang melalui pengalaman spiritual, empati sosial, dan hubungan emosional antara guru dan santri; sedangkan moral action diwujudkan melalui kedisiplinan, tanggung jawab, kepedulian sosial, serta pengamalan nilai agama dalam kehidupan sehari-hari. Faktor pendukung meliputi kebijakan madrasah, peran guru, dan lingkungan pesantren yang kondusif, sedangkan hambatan meliputi keterbatasan fasilitas, adaptasi siswa baru, pengaruh teknologi, dan lingkungan luar. Pembinaan karakter yang diterapkan melalui sistem pendidikan pesantren terbukti efektif dalam membentuk peserta didik yang religius, mandiri, disiplin, bertanggung jawab, dan memiliki akhlakul karimah.