Sistem Informasi Kesehatan (SIK) merupakan komponen strategis dalam mendukung pengambilan keputusan program kesehatan berbasis bukti di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis implementasi SIK dalam mendukung pengambilan keputusan program kesehatan, meliputi permasalahan, faktor penyebab, upaya penanganan, serta peran SIK dalam sistem kesehatan. Penelitian ini menggunakan pendekatan studi literatur dengan mengkaji berbagai sumber ilmiah berupa jurnal nasional dan internasional, buku, serta regulasi terkait dalam kurun waktu 5–10 tahun terakhir. Analisis dilakukan secara deskriptif dengan pendekatan tematik. Hasil kajian menunjukkan bahwa implementasi SIK di Indonesia masih menghadapi berbagai kendala, antara lain fragmentasi sistem informasi, kualitas data yang belum optimal, beban kerja tenaga kesehatan akibat duplikasi pencatatan, keterbatasan infrastruktur teknologi, serta rendahnya pemanfaatan data untuk pengambilan keputusan. Permasalahan tersebut dipengaruhi oleh keterbatasan sumber daya manusia, ketimpangan infrastruktur, kurangnya integrasi dan koordinasi antar program, keterbatasan pembiayaan, serta budaya pemanfaatan data yang belum kuat. Berbagai upaya telah dilakukan, seperti pengembangan integrasi sistem melalui platform nasional, peningkatan kapasitas SDM, penguatan infrastruktur, serta penerapan kebijakan tata kelola data. SIK memiliki peran penting dalam menyediakan data yang sistematis dan real-time untuk mendukung analisis situasi, monitoring, dan evaluasi program kesehatan. Namun, optimalisasi peran tersebut masih memerlukan penguatan integrasi sistem, peningkatan kualitas data, serta kapasitas analisis. Dengan demikian, pengembangan SIK yang komprehensif menjadi kunci dalam meningkatkan efektivitas program dan kualitas pelayanan kesehatan di Indonesia.