Pondok pesantren memiliki peran dalam transformasi sistem pertanian yang berkelanjutan. Salah satu upaya untuk menerapkan peertanian yang berkelanjutan adalah dengan Prinsip-prinsip dasar pertanian organik memiliki keselarasan yang kuat dengan nilai-nilai ajaran Islam yang diajarkan di pondok pesantren. Prinsip-prinsip dasar pertanian organik memiliki keselarasan yang kuat dengan nilai-nilai ajaran Islam. Penelitian ini bertujuan untuk jmemberikan gambaran yang utuh mengenai peran pesantren dalam pengembangan pertanian organik, baik dari perspektif nilai, kelembagaan, maupun praktik. Penelitian dilakukan dengan metode survey dan studi literature. Responden berasal dari santri Pondok Modern Darussalam. Gontor serta Mahasiswa Universsitas Darussalam Gontor. Hasil analisis menunjukkan bahwa praktik pertanian organik di pesantren berakar kuat pada pemahaman keagamaan yang holistik. Islam menempatkan manusia sebagai khalifah fil ardh yang memiliki tanggung jawab moral dan spiritual dalam mengelola serta menjaga kelestarian bumi. Hasil survey menunjukkan bahwa pendidikan di pesantren mengajarkan responden tentang ayat dan hadits yang menganjurkan menjaga lingkungan dan alam. Pesantren berperan sebagai ruang pendidikan alternatif yang menjembatani kesenjangan antara pengetahuan ilmiah dan kearifan lokal. Praktik pertanian organik yang dikembangkan sering kali mengadopsi teknologi sederhana berbasis sumber daya lokal, sehingga lebih mudah diterapkan dan direplikasi oleh masyarakat sekitar. Dalam hal ini, pesantren berfungsi sebagai agen difusi inovasi pertanian yang kontekstual dan inklusif.