Mutu lulusan di MTs Negeri 2 Garut menghadapi tantangan suboptimal yang ditandai oleh penurunan rata-rata nilai ujian sains dan defisit serapan alumni ke sekolah unggulan sebesar 15%. Permasalahan ini dipicu oleh melonjaknya kasus keletihan mental (academic burnout) akibat tata kelola kesiswaan yang berfokus pada kontrol koersif serta budaya sekolah yang minim dukungan psikologis. Penelitian ini bertujuan menganalisis pengaruh Manajemen Kesiswaan (X1) dan Budaya Organisasi Madrasah (X2) terhadap Motivasi Belajar Siswa (Y) serta dampaknya terhadap Mutu Lulusan (Z) secara parsial, simultan, dan melalui efek mediasi. Menggunakan pendekatan kuantitatif ex post facto, penelitian ini menyensus seluruh populasi guru yang berjumlah 56 orang sebagai responden. Data angket berskala ordinal ditransformasikan menjadi interval menggunakan Method of Successive Interval (MSI) dan dianalisis melalui Analisis Jalur via SPSS 27. Hasil pengujian membuktikan bahwa X1 dan X2 secara simultan berpengaruh signifikan terhadap Y (Fhit. = 11,574, p < 0.001, R2 = 30,4%) dan Z (Fhit. = 11,877, p < 0.001, R2 = 40,7%). Secara parsial pada model simultan, X1 tidak berpengaruh langsung signifikan terhadap Y (p = 0,382) maupun Z (p = 0,694) karena kontribusinya terserap oleh X2 (p = 0,005). Motivasi Belajar Siswa (Y) terbukti bertindak sebagai prediktor paling dominan (beta = 0,407, p = 0,003) sekaligus variabel mediasi mutlak bagi pengaruh X1 dan X2 terhadap Z. Disimpulkan bahwa peningkatan mutu lulusan madrasah mensyaratkan reorientasi manajemen kesiswaan dari pendekatan punitif menuju restoratif-humanis serta penguatan budaya sekolah yang apresiatif demi menumbuhkan motivasi otonom peserta didik