Pewarnaan Gram merupakan metode dasar dan penting dalam identifikasi awal bakteri di laboratorium medik. Safranin sebagai pewarna penutup yang umum digunakan dalam pewarnaan Gram merupakan zat sintetis yang memiliki keterbatasan, antara lain potensi toksisitas, ketergantungan terhadap bahan kimia impor, serta dampak lingkungan akibat limbah kimia laboratorium. Oleh karena itu, diperlukan alternatif pewarna yang lebih aman, ramah lingkungan, dan mudah diperoleh. Buah binahong merah diketahui mengandung pigmen antosianin yang berpotensi sebagai pewarna alami, sedangkan jeruk nipis memiliki sifat asam yang dapat berfungsi sebagai agen fiksasi alami sekaligus meningkatkan kestabilan warna antosianin. Kombinasi kedua bahan alami tersebut diharapkan mampu menghasilkan pewarna yang efektif sebagai pengganti safranin dalam pewarnaan Gram bakteri. Penelitian ini penting dilakukan untuk mengeksplorasi pewarna alami kombinasi buah binahong merah dan jeruk nipis sebagai alternatif safranin pada pewarnaan gram bakteri. Hasil penelitian didapatkan nilai hasil Uji Mann Whitney U Test terdapat perbedaan dengan perbedaan paling kecil berdasarkan uji Post Hoc LSD Tukey yaitu pada konsentrasi 75%. Hasil Uji efektifitas, sensitifitas dan spesifisitas mendapat hasil pewarna alami kombinasi buah binahong merah dengan jeruk nipis konsentrasi 75% dapat digunakan untuk menggantikan pewarna safranin akan tetapi hasilnya kurang efektif dengan persen efektifitas hanya 63,43%. Dari hasil penelitian dapat disimpulkan pewarna alami kombinasi buah binahong merah dan jeruk nipis konsentrasi 75% dapat digunakan sebagai pengganti pewarna safranin di laboratorium pendidikan walaupun hasilnya kurang sebanding dengan safranin komersial. Pewarna alami tersebut kurang efektif dan kurang sensitif jika digunakan dalam diagnosis klinis bakteri.