Keragaman latar belakang etnis dan daerah siswa di lembaga pendidikan berbasis pesantren sering kali memicu hambatan komunikasi, stereotip kebudayaan, hingga potensi konflik antar-santri. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis perencanaan, pelaksanaan, dampak, serta faktor pendukung dan penghambat implementasi pembelajaran Pendidikan Agama Islam (PAI) berbasis multikultural dalam menumbuhkan sikap toleransi siswa di MTsN 3 Jombang. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif jenis studi kasus. Data dikumpulkan melalui wawancara mendalam dengan kepala madrasah, guru PAI, dan siswa, serta observasi partisipatif dan dokumentasi. Data dianalisis menggunakan teknik analisis interaktif Miles dan Huberman yang meliputi reduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa: 1) Perencanaan pembelajaran PAI dilakukan melalui penyusunan Modul Ajar yang mengintegrasikan nilai tasamuh, tawassuth, dan moderasi beragama; 2) Pelaksanaan pembelajaran menerapkan strategi equity pedagogy, penggunaan bahasa pengantar nasional, dan metode pendampingan sebaya (peer tutoring) dalam literasi keagamaan; 3) Pembelajaran PAI berbasis multikultural berdampak signifikan dalam meningkatkan kesadaran inklusif, mereduksi sikap stereotip dan perundungan berbasis daerah, serta menguatkan solidaritas antar-siswa; 4) Keberhasilan program dipengaruhi oleh kepemimpinan madrasah dan kultur pesantren yang kondusif, meskipun masih menghadapi kendala disparitas literasi awal siswa dan variasi pola asuh keluarga. Penelitian ini menyimpulkan bahwa pengintegrasian nilai multikultural dalam pembelajaran PAI terbukti efektif membentuk karakter siswa yang moderat dan toleran.