Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
0.23
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Jurnal Manajemen Informatika, Sistem Informasi dan Teknologi Komputer (JUMISTIK)
Dicka Wahyu Setiasari
UIN Raden Mas Said Surakarta
Computer Science & IT Economics, Econometrics & Finance Electrical & Electronics Engineering

Published : 1 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 1 Documents
Search

 1 
Pemanfaatan edgeR dan Pemodelan Jaringan STRING v12.0 pada Analisis Data RNA Kanker Nasofaring Dicka Wahyu Setiasari; Fandisya Rahman
Jurnal Manajemen Informatika, Sistem Informasi dan Teknologi Komputer (JUMISTIK) Vol 5 No 2 (2026): Early Access
Publisher : STMIK Amika Soppeng

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.70247/jumistik.v5i2.371

Abstract

Karsinoma nasofaring (NPC) merupakan keganasan epitelial yang memiliki prevalensi tinggi di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan analisis bioinformatika transkriptomik secara menyeluruh dan merekonstruksi jaringan interaksi protein-protein (PPI) pada pasien NPC Indonesia. Data sekuens RNA utuh (RNA-seq) dari 7 sampel biopsi pasien NPC dan 2 kontrol sehat diproses menggunakan pipeline komputasional HISAT2 v2.1.0 untuk alignment genome dan HTSeq v0.11.1 untuk kuantifikasi transkrip. Analisis ekspresi gen diferensial (DEG) mengeksekusi algoritma statistik edgeR v3.28.0 (TMM normalization, FDR < 0,05, log2 FC > 1), menghasilkan 2.043 gen ter-upregulasi dan 156 gen ter-downregulasi signifikan. Eliminasi komputasional mendeteksi bahwa 5 dari top 10 gen upregulated merupakan long non-coding RNA (lncRNA). Rekonstruksi grafik jaringan PPI menggunakan algoritma STRING v12.0 mengidentifikasi dua sub-kluster upregulated utama (SOX11–SALL3 dan GABRG2–KCNQ2) serta central hub node downregulated SERPINB3 yang terhubung dengan ALDH3A1, MSMB, dan SERPINB11. Hasil ini menegaskan efektivitas pipeline bioinformatika dalam mengekstraksi biomarker molekuler NPC.
Co-Authors Fandisya Rahman