Pengelolaan perpajakan obat di rumah sakit memiliki peran penting dalam mendukung tertib administrasi dan kepatuhan terhadap regulasi perpajakan yang berlaku. Namun, proses perhitungan Pajak Pertambahan Nilai (PPN) yang masih dilakukan secara manual sering kali menimbulkan kendala, seperti kesalahan dalam pengelompokan status pajak obat serta ketidaktepatan dalam perhitungan pajak yang dikenakan pada transaksi farmasi. Kondisi tersebut menunjukkan perlunya suatu sistem yang mampu mengotomatisasi proses pengelolaan pajak agar lebih efektif dan akurat. Penelitian ini bertujuan mengembangkan Sistem Informasi Akuntansi Pengelolaan Pajak Obat Berbasis Web yang dapat mengidentifikasi kategori pajak obat serta melakukan perhitungan PPN secara otomatis pada transaksi resep. Penelitian menggunakan pendekatan kualitatif dengan metode pengembangan Prototype yang, melalui tahapan komunikasi, perencanaan cepat, pemodelan desain, pembangunan prototipe, serta evaluasi berdasarkan umpan balik pengguna. Pengumpulan data dilakukan melalui observasi, wawancara, studi dokumentasi, dan studi pustaka. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sistem yang dikembangkan mampu mengotomatisasi klasifikasi status pajak obat, menghitung PPN sesuai ketentuan perpajakan yang berlaku, serta menghasilkan informasi transaksi yang lebih terintegrasi dan akurat. Penerapan sistem juga memberikan peningkatan dalam aspek kecepatan, konsistensi, dan ketelitian proses administrasi perpajakan dibandingkan dengan metode manual. Dengan demikian, sistem yang dihasilkan dapat menjadi solusi dalam mendukung pengelolaan pajak obat yang lebih efisien serta meningkatkan kualitas administrasi farmasi di lingkungan rumah sakit.