Keanekaragaman jenis adalah keanekaragaman yang ditemukan di antara makhluk hidup yang berbeda jenis di dalam sebuah ekosistem, baik tumbuhan, hewan, dan mikroorganisme. Ada beragam jenis ekosistem yang dapat dijumpai di bumi ini. Semua ekosistem tersebut akan membentuk satu kesatuan yang disebut dengan Biosfer. Salah satu ekosistem yang mudah untuk tercemari adalah ekosistem Sungai. Berdasarkan hasil penelitian yang telah dilakukan di kawasan DAS sungai Air Besar Batu Merah Ambon, ditemukan 5 spesies capung jarum yang tergolong dalam 3 family capung jarum (Zygoptera) dan total jumlah individu pada ketiga stasiun yaitu 51 individu. Berdasarkan hasil penelitian hanya ditemukan dua spesies gastropoda yaitu Pupina bilobata dan Ena Montana. Penghitungan nilai Familli Biotik Indeks hanya mencakup 4 familly yaitu Cordullidae, Gerridae, Hirudinidae, Tricoptera. Dimana hanya keempat family tersebut yang tergolong dalam makroinvertebrata indikator yang sensitif terhadap polutan. Nilai FBI menunjukkan kondisi perairan pada stasiun 1 tergolong sangat baik. Begitu pula dengan kondisi perairan pada stasiun II dimana nilai FBI diantara 0-3.75 yang berarti sangat baik. Kata Kunci: Keanekaragaman, Ekosistem, Sungai Arbes, FBI