Kompetensi sains merupakan aspek penting dalam pembelajaran sekolah dasar, karena mencakup kemampuan dalam menjelaskan fenomena secara ilmiah, merancang dan mengevaluasi penyelidikan ilmiah, serta menginterprestasi data dan bukti ilmiah. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis efektivitas penggunaan Lembar Kerja Peserta Didik Elektronik (E-LKPD) berbasis deep learning dalam meningkatkan kompetensi sains siswa pada topik ekosistem. Pendekatan kuantitatif digunakan dengan desain pra-eksperimen, khususnya desain one-group pretest-posttest, Penelitian ini melibatkan 28 siswa kelas V SDN Balongsari 1/500 Surabaya, dengan data yang diperoleh melalui pretest dan posttest. Analisis dilakukan menggunakan uji Shapiro-Wilk, N-Gain, dan paired-samples t-test. Hasil penelitian menunjukkan adanya peningkatan kompetensi sains siswa, dengan nilai rata-rata yang meningkat dari 51,07 menjadi 86,07 serta nilai N-Gain sebesar 0,73146. Berdasarkan indikator kompetensi sains, kemampuan menjelaskan fenomena ilmiah mencapai skor N-Gain hingga 0,73 (kategori tinggi), kemampuan merancang dan mengevaluasi penyelidikan ilmiah mencapai skor 0,63 (kategori sedang), serta kemampuan menginterprestasi data dan bukti ilmiah mencapai skor 0,72 (kategori tinggi). Uji Shapiro-Wilk menghasilkan nilai signifikansi 0,108, yang menunjukkan bahwa data memenuhi asumsi distribusi normal. Sementara itu, uji-t sampel berpasangan menunjukkan adanya perbedaan yang signifikan antara hasil pretest dan posttest, dengan nilai signifikansi( p < 0,001). Hasil penelitian menunjukkan bahwa lembar kerja peserta didik elektronik (E-LKPD) berbasis deep learning efektif dalam meningkatkan kompetensi sains siswa pada topik ekosistem. Hasil ini mengindikasikan bahwa media pembelajaran digital tersebut berpotensi menjadi sumber belajar alternatif yang mampu mendukung proses pembelajaran sains di sekolah dasar secara lebih efektif.