Kitab kuning diyakini sebagai referensi studi keilmuan (Islamic studies) yang otoritatif. Keberadaannya senantiasa menyertai eksistensi pesantren sebagai insitusi pendidikan islam tertua. Perguruan Tinggi Keagamaan Islam (PTKI) diharapkan menjadi kelanjutan pesantren yang memadukan tradisi keilmuan klasik dengan metodologi studi yang beradaptasi dengan tuntutan zaman. PTKI sebagai wadah pendadaran sarjana muslim dituntut mampu melestarikan tradisi keislaman di satu sisi, dan juga mampu memformulasikan metode studi yang adaptif dan progresif di sisi yang berbeda, sehinga menjadi transimisi keilmuan yang konperhensif. Artikel ini mendiskripsikan potret keterpakaian kitab kuning di STAIN Pamekasan dan STAI Al-Khairat, juga di Pamekasan. Hasilnya, keterpakain kitab kuning sebagai referensi kajian keislaman berbeda antara kedua PTKI tersebut. STAIN Pamekasan, dengan jumlah program studi yang besar (18 prodi) keterpakaian kitab kuning relatif kecil, dikarenakan mayoritas mahasiswa tidak memiliki kompetensi dasar penguasaan kitab kuning. Demikian pula pola perkuliahan dan penguasan karya ilmiah oleh dosen yang tidak mewajibkan penggunaan referensi kitab kuning, juga menyebabkan rendahnya ketertarikan mahasiswa untuk menelaahnya. Hal ini berbeda dengan STAI Al-Khairat. Mahasiswa sudah terbiasa dengan penggunaaan kitab kuning sejak semester awal. Di samping mereka memiliki kompetensi yang dibutuhkan dalam menelaah kitab kuning, dukungan para dosen dan iklim kompetisi antar mahasiswa yang berasal dari beberapa pesantren juga menyebabkan tingginya penggunaan kitab kuning.(Kitab Kuning is believed as the authoritative Islamic studies’ reference. Its existence is accompanying the pesantren’s existence as the oldest Islamic education institution. Islamic universities are expected to continue pesantren to combine classical knowledge tradition with research methodology which is adapted the demands in this era. Islamic university is as the place to make Moslems scholar able to put Islamic tradition in one side while in another side they are able to formulate an adaptive and progressive research method. So that it can be a comprehensible knowledge transmission. This research is trying to describe the use of kitab kuning in STAIN Pamekasan, STAI Al- Khairat and in Pamekasan too. The results are; there are differences in the usage of kitab kuning as reference in those two universities. STAIN Pamekasan with big amount of study programs (18 study programs) has low level on the usage of kitab kuning and it is caused by the students’ lack of basic knowledge about it. Moreover, the terms of lecturing process and the lecturer’s mastery of kitab kuning and they do not oblige the students to use it as reference is degrading the students’ interest in analyzing it. It is different to what happen in STAI Al-Khairat. The students get used to make use of kitab kuning since the first semester. They both have the competency in analyzing kitab kuning and their lecturers also support them and create an atmosphere to have a competition among the students from any pesantren. These both reasons make the high kitab kuning usage in the latter Islamic university.)