Kurangnya pengetahuan masyarakat tentang penyakit pencernaan dapat berakibat salah penanganan dalammengobati penyakit tersebut. Banyak masyarakat yang kurang paham pemilihan makanan untuk penderitapenyakit pencernaan. Kurang tahunya masyarakat agar menghindari makanan ataupun yang dianjurkan untukdikonsumsi penderita penyakit saluran pencernaan. Pemilihan makanan yang salah dapat memicu kambuhnyapenyakit tersebut dan sulit untuk disembuhkan.Sistem pakar pada penelitian kali ini menggunakan Certainty Factor yaitu metode yang mendefinisikanukuran kepastian terhadap suatu fakta atau aturan, untuk memberikan nilai kepastian pakar terhadap masalahyang sedang di hadapi, dengan adanya sistem pakar ini, diharapkan dapat membantu para pengguna dalammendiagnosis penyakit pencernaan yang dialami.Hasil Pengujian sistem aplikasi sistem pakar diagnosis penyakit pencernaan pada manusia berbasis webmenggunakan metode Certainty Factor fungsional berjalan dengan baik dengan persentase eror sebanyak 0.44%didapat dari hasil perbandingan antara diagnosis pakar dan diagnosis sistem. Dari hasil pengujian penggunadidapatkan presentase sebanyak 4% menyatakan bahwa pengguna Sangat Setuju dan 31% menyatakan setujudan 25% menyatakan bahwa pengguna cukup setuju dengan sistem pakar diagnosis penyakit pencernaan.