Hasil prestasi akademik yang bagus akan membuat santri menjadi lebih termotivasi, sehingga dalamberjalannya proses belajar mengajar ilmu agama kepada santri bisa memenuhi target masing-masing guru, dansetiap santri yang diajar bisa menerima ilmu agama dengan maksimal. Para dewan guru di Pondok PesantrenMahasiswa (PPM) Baitul Jannah semuanya masih menggunakan catatan dibuku dan sedikit bantuan teknologiyaitu Microsoft Ecxel untuk mencatat dan meyimpan data nilai maupun prestasi akademik para santri, sehinggadirasa kurang maksimal dan beresiko terjadinya human error untuk bisa mengetahui dan menentukan prestasiakademik santri yang naik dan menurun, sehingga para dewan guru sering kurang teliti dalam mengetahui parasantrinya yang butuh bimbingan lebih dalam urusan keilmuan dan materi pembelajaran. Karna itu dibutuhkansuatu sistem baru yang lebih cepat dan efisien untuk bisa mengetahui prestasi akademik santri di PPM Baituljannah.Pada proses penelitian ini, maka dibuatlah sebuah sistem untuk mengklasifikasi tingkat prestasi akademiksantri untuk memudahkan para dewan guru/ustadz dalam proses penetuan prestasi akademik santri denganmenggunakan metode Naive Bayes Classifier (NBC). Kriteria yang digunakan pada sistem ini adalah nilaimateri pokok, nilai pemahaman konsep dan praktikum, nilai sikap dan perilaku, nilai lima sukses santri, nilaikegian ekstrakurikuler, absensi dan keaktifan dan nilai prestasi kuliah. Aplikasi pada penelitian inidiimplementasikan dan dirancang dengan menggunakan bahasa pemograman PHP (Hypertext Preprocessor),dan Database menggunakan MySQL.Dari hasil pengujian aplikasi yang telah dibuat dengan metode Naive Bayes Classifier untuk memprediksipredikat prestasi akademik Santri, mampu menghasilkan akurasi dengan nilai 76%. Pengujian algoritma inidilakukan menggunakan perhitungan probabilitas yaitu membandingkan predikat pada data lama denganpredikat hasil prediksi. Selain itu juga dilakukan pengujian aplikasi dengan menggunakan 3 browser yangberbeda, semua tampilan dan fungsi aplikasi dapat berjalan 100% pada 3 browser yaitu, Mozilla v.49.02,Chrome v.20.0.1132.17, dan Internet Explorer Windows 10. Dengan adanya aplikasi ini diharapkan para gurudapat melakukan evaluasi terhadap prestasi akademik santri dengan cepat dan akurat.