Abstrak: Saat ini DAS Citarum Hulu tengah mengalami penurunan kualitas air sungai. Salah satu penyebab terjadinya permasalahan ini adalah adanya pencemaran pada anak sungai yang masuk ke badan air Citarum Hulu. Sungai Cikapundung merupakan salah satu anak sungai yang turut berkontribusi dalam penurunan kualitas air Sungai Citarum Hulu. Usaha pencegahan pencemaran yang efektif dan efisien hanya dapat dilakukan apabila sumber pencemar telah diketahui. Salah satu upaya yang dapat dilakukan dalam pelacakan sumber pencemar adalah Microbiological Source Tracking (MST). Terdapat dua metode utama dalam MST yaitu konvensional dan modern. Antibiotic Resistance Analysis (ARA) merupakan salah satu cara modern dalam mendeteksi bakteri yang bertujuan membedakan diversitas resistensi bakteri terhadap antibiotik sehingga dapat terlihat perbedaan pola resistensi dan dapat diidentifikasi sumber bakterinya. Pada Sungai Cikapundung, pelacakan E. coli dilakukan dengan menguji resistensi dari tiap isolat yang diambil dari 3 titik sampling di sepanjang badan air terhadap 10 jenis antibiotik. Pada titik 1 yang terletak di hulu Cikapundung, belum ditemukan adanya pencemaran fekal. Sedangkan, sebaran E. coli pada titik 2 dan 3 berasal dari sumber manusia. Dengan diketahuinya sumber pencemar spesifik, maka diharapkan dapatdilakukan penanganan lebih lanjut yang tepat sasaran.