Instruksi Jaksa Agung Nomor : INS-004/J.A/3/1994 tentang Pengendalian Perkara Penting Tindak Pidana Umum, menentukan bahwa Jaksa Penuntut Umum sebelum membacakan tuntutannya di persidangan diharuskan terlebih dahulu melaporkan kepada atasan Kepada Kepala Kejaksaan Negeri, Kejaksaan Tinggi dan atau Kejaksaan Agung sesuai dengan tindak pidana yang ditangani oleh Jaksa Penuntut Umum tersebut. Pelaporan rencana tuntutan ini kepada atasan lebih dikenal dengan rencana tuntutan berjenjanga atau Rentut berjenjang.Namun dalam pelaksanaan Instruksi Jaksa Agung Nomor : INS-004/J.A/3/1994 tentang Pengendalian Perkara Penting Tindak Pidana Umum membawa dampak dan mengganggu terhadap proses persidangan serta independensi Jaksa Penuntut Umum.Adapun dampak yang terjadi akibat adanya Instruksi Jaksa Agung terhadap rencana tuntutan dalam proses persidangan di Pengadilan Negeri Pontianak dapat mengganggu proses persidangan karena rencana tuntutan belum turun, maka Jaksa Penuntut Umum belum bisa membacakan tuntutan di persidangan sedangkan masa penahanan terdakwa akan berakhir dan apabila masa tahanan terdakwa telah berakhir dan rentut belum turun juga maka terdakwa harus sudah dikeluarkan dari tahanan demi hukum dan dapat menyebabkan perkara tersebut dinyatakan penuntutan tidak dapat diterima dalam bentuk penetapan, karena proses sudah dijalani tetapi ternyata Rentut tidak juga turun, yang pada akhirnya juga dapat menyebabkan proses penyelesaian perkara berlarut-larut dan mengakibatkan dilanggarnya asas Kitab Undang-undang Hukum Acara Pidana, yakni Asas Peradilan Sederhana, Cepat dan Biaya Ringan (Pasal 2 ayat (4) Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 48 Tahun 2009 Tentang Kekuasaan Kehakiman.Pengaruh Instruksi Jaksa Agung terhadap Tuntutan Jaksa, adalah tuntutan hasil rencana tuntutan berjenjang (rentut) tidak sesuai dengan fakta yang diperoleh pada fakta-fakta persidangan tuntut bisa terlalu tinggi dan juga menyebabkan tidak adanya independensi Jaksa Penuntut Umum yang menangani perkara Jaksa Penuntut Umum tidak bebas melain diintervensi oleh atasan, sehingga tidak memberikan mengembangkan profesionalisme dari Jaksa Penuntut Umum yang menangani perkara.. Kata kunci : Kemandirian Jaksa Penuntut Umum, Rencana Tuntutan, Rentut