Dalam rangka pemanfaatan sumberdaya kelautan dan perikanan di Wilayah Timur Indonesia atau Kabupaten Merauke Propinsi Papua, dan pelaksanaan program SKPT, dilakukan kajian pengembangan PPN Merauke. Kajian dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui tingkat pemanfaatan fasilitas dan sarana yang dimiliki pelabuhan, dan strategi yang harus dilaksanakan oleh pengelola pelabuhan dalam rangka pengembangan dan optimalisasi pemanfaatannya. Untuk mendapatkan data yang komprehensif, kajian dilakukan berdasarkan data yang dikumpulkan dari periode Januari sampai dengan Desember 2017. Metode yang digunakan dalam kajian ini adalah dengan metode deskriptif dan data yang didapatkan baik sekunder dan primer dianalisa dengan metode analisis tingkat pemanfaatan. Untuk mendapatkan strategi yang harus dilaksanakan oleh pengambil kebijakan, digunakan analisis SWOT. Hasil kajian menunjukkan bahwa tingkat pemanfaatan fasilitas pokok PPN Merauke seperti lahan, dermaga, kolam pelabuhan, dan lainnya masih sangat rendah. Sementara untuk fasilitas fungsional yang belum tersedia seperti BBM, Es, docking dan lainya masih diperlukan pengadaannya. Analisis SWOT menunjukkan PPN Merauke memiliki kekuatan untuk dikembangkan dengan menerapkan strategi yang terdapat pada elemen kekuatan dan peluang (strategi SO), diantaranya sosialisasi keberadaan pelabuhan, peningkatan produksi, sistem rantai pemasaran, dan lainnya. Pengelola pelabuhan disarankan untuk mengeliminir kelemahan dan ancaman yang dimilikinya seperti optimalisasi fasilitas dan sarana, mendorong kapal perikanan lokal dan yang memiliki pelabuhan swasta/tangkahan melakukan aktivitas di PPN Merauke.