Pengembangan pengelolaan pelabuhan non-komersil khususnya di Kawasan Timur Indonesia (KTI) merupakan salah satu hal penting dalam mendorong percepatan pengembangan infrastruktur pelabuhan di wilayah tersebut. Dalam konteks ini, studi ini bertujuan memetakan potensi-potensi pelabuhan non-komersil di Kawasan Timur Indonesia dalam rangka melihat sejauhmana prospek pengelolaan infrastruktur pelabuhan-pelabuhan tersebut dapat dikembangkan. Pendekatan Analisis Multi-Kriteria (AMK) digunakan pada studi ini, untuk menganalisis berbagai aspek fungsi dan pelayanan pelabuhan non-komersil, yang meliputi aspek-aspek: teknis, transportasi, wilayah, ekonomi, dan legalitas. Hasil analisis memperlihatkan bahwa terdapat keragaman keunggulan dan kekurangan antar pelabuhan untuk dapat dikembangkan pengelolaannya. Aspek ekonomi mendominasi keterbatasan pelabuhan-pelabuhan non-komersil di Kawasan Timur Indonesi untuk dikembangkan pengelolaannya secara komersil, disamping aspek legalitas baik secara struktur organisasi pengelolaan maupun legalitas lahan pengembangan infrastruktur. Prioritas pengembangan pelabuhan UPP (Unit Pelayanan Pelabuhan) di KTI menjadi pelabuhan Badan Layanan Umum (BLU) berdasarkan penilaian ahli (kepakaran), ketersediaan fasilitas pelabuhan dan sarana penunjang lainnya serta aspek administrasi pelabuhan terdiri atas 3 tingkatan prioritas. Pelabuhan-pelabuhan UPP di Pulau Kalimantan menjadi Pelabuhan UPP yang dominan mempunyai prospek untuk dikembangkan menjadi Pelabuhan BLU. Diperlukan studi lebih lanjut terhadap pelabuhan sejenis di kawasan lainnya di Indonesia untuk menemukenali berbagai varian model pengembangan pengelolaan infrastruktur pelabuhan non-komersil di Indonesia.