The research is based upon the fact that in recent years the target of taxes does not meet the target, responded by various recommendations from related parties and supported by the growing trend in many countries that the tax authority is being transformed to be more autonomous. The purpose of this study is to describe the institutional design that is right for the DGT for the realization of a good internal control system within the body of the Ministry of Finance. Internal Controlling System in the Ministry of Finance is the main focus of the research that is seen from perspective of system of organization, system of authorities and recording procedures, healthiness of the work performance, and the employee performance towards their given authorities; and restructuration of DGT that is seen from the aspect of its design of position, design of suprastructure, design of lateral relations and design of decision making system. Conclusion of the research is that transforming DGT into Lembaga Pemerintah Non-Kementerian (Government Institution Non-Ministry) under the name of Badan Penerimaan Perpajakan (the Body of Taxation Recipient), which directly be controlled by and responsible to the president through coordination of Finance Minister. Keywords: Autonomy, Organization, Tax Administration ABSTRAK Penelitian ini dilatarbelakangi oleh kondisi dimana target pajak yang tak kunjung tercapai dalam beberapa tahun terakhir, kemudian direspon dengan berbagai pandangan rekomendasi dari berbagai pihak terkait dengan perlunya penambahan wewenang pada tubuh DJP, diperkuat dengan adanya tren di negara lain yang mulai mentransformasi otoritas pajaknya ke arah yang lebih otonom. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendeskripsikan desain kelembagaan yang tepat bagi DJP demi terwujudnya sistem pengendalian internal yang baik dalam tubuh Kementerian Keuangan. Fokus penelitian ini adalah sistem pengendalian internal Kementerian Keuangan dilihat dari sistem organisasi, sistem wewenang dan prosedur pencatatan, pelaksanaan kerja yang sehat, dan karyawan dengan kualitas yang sesuai dengan tanggung jawab; dan restrukturisasi DJP dilihat dari aspek desain dari posisi, desain suprastruktur, desain hubungan lateral, dan desain sistem pengambilan keputusan. Kesimpulan yang diperoleh dari penelitian ini adalah perlu menjadikan DJP berstatus Lembaga Pemerintah Non Kementerian dengan nama Badan Penerimaan Perpajakan, yang berada langsung di bawah dan bertanggung jawab kepada Presiden melalui koordinasi Menteri Keuangan. Kata Kunci: Otonomi, Organisasi, Administrasi Perpajakan