Claim Missing Document
Check
Articles

Found 2 Documents
Search

Study on Abundance and Distribution Pattern of Collembola on Three Types of Land Utilizations in Banjar Regency, South Kalimantan Trianto, Manap; Marisa, Fajri
BIO-EDU: Jurnal Pendidikan Biologi Vol 5 No 3 (2020): Jurnal BIO-EDU Volume 5 Nomor 3 Tahun 2020
Publisher : Jurusan Pendidikan Biologi, Fakultas Ilmu Pendidikan, Universitas Timor

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.32938/jbe.v5i3.606

Abstract

Collembola is one of soil organism which classified as mesofauna. This reseach is aims to study the abundance and distribution patterns of Collembola on three types of land utilization in Banjar District, South Kalimantan Province. This research was conducted on April 2020 by using a purposive sampling method. Based on results of Collembola identification obtained at the sampling location, there are 12 genera, 6 families, and 2 orders of Collembola. The highest abundance is found in oil palm plantations. While the Collembola distribution pattern on the three types of land clearing is the same, which is clustering. The results of this study are expected to provide information on the study of abundance and distribution patterns of Collembola in South Kalimantan Province related to environmental factors also help in carrying out sustainable ecosystem development.
Prediksi Epitop untuk Desain Vaksin Virus Dengue secara In Silico Marisa, Fajri; Budiarsa, I Made; Kundera, I Nengah
Journal of Biology Science and Education Vol. 8 No. 1 (2020): Juni
Publisher : Universitas Tadulako

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22487/jbse.v8i1.1158

Abstract

Penyakit akibat infeksi virus dengue menjadi salah satu masalah kesehatan utama di dunia, sehingga diperlukan suatu upaya pencegahan dengan cara pengembangan vaksin. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendeskripsikan kandidat epitop yang layak digunakan dalam mendesain vaksin virus dengue secara in silico dan pemanfaatannya sebagai media pembelajaran bioinformatika berupa poster. Data dalam penelitian diperoleh melalui pencarian sekuen protein envelope virus dalam situs NCBI dan RCSB. Prediksi epitop sel T dan sel B dilakukan melalui server MULTIPRED2 dan ElliPro. Pembuktian epitop dilakukan dengan menyusun sekuen vaksin dan homology modeling struktur tiga dimensi vaksin. Evaluasi struktur tiga dimensi vaksin dilakukan dengan mengurangi residu asam amino yang tumpang tindih, menentukan skor QMEAN, nilai Root Mean Square (RMSD), skor Template Modeling (TM) dan menganalisis plot Ramachandran. Validasi vaksin dilakukan melalui server Verify3D. Hasil penelitian menunjukan kandidat epitop yang layak digunakan untuk mendesain vaksin virus dengue terdapat pada urutan asam amino LVTFKTAHA, IQMSSGNLL dan MILMKMKKK. Evaluasi vaksin menunjukkan tidak terdapat residu asam amino tumpang tindih dengan nilai RMSD dibawah 0,1, skor TM 0,999 dan jumlah residu non glisin yang kurang dari 15% total residu sekuen penyusun vaksin. Validasi sekuen dan struktur tiga dimensi vaksin mencapai 91.58% asam amino yang memiliki skor 3D-1D 0,2.