Seiring perkembangan teknologi dan informasi, sistem PPDB mulai mengalami perubahan dengan kriteria seleksi salah satunya yaitu zonasi. Implementasi PPDB sistem zonasi sendiri pada nyatanya menimbulkan persoalan baru dikalangan masyarakat. Beberapa kalangan masyarakat yang anaknya memiliki kemampuan dan berprestasi menganggap bahwa sistem zonasi tidak adil, karena pada dasarnya seleksi untuk calon peserta didik hanya ditentukan oleh jarak radius sekolah dengan tempat tinggal peserta didik. Penelitian ini bertujuan untuk menjabarkan mengenai permasalahan-permasalahan yang terjadi terkait penerapan PPDB sistem zonasi dengan menggunakan analisis diagram fishbone. Analisis permasalahan pada penelitian ini dirumuskan dalam empat kategori yaitu Man, Method, Machine, dan Environment. Penelitian ini menggunakan pendekatan deskriptif kualitatif. Teknik pengumpulan data menggunakan studi kepustakaan dengan memfokuskan pada tema PPDB zonasi. Hasil analisis dari empat kategori menunjukkan bahwa pelaksanaan PPDB zonasi dalam persiapan inputan peserta didik unggul masih belum optimal. Pemerintah diharapkan mampu melakukan perbaikan kebijakan untuk mewujudkan tujuan utama penerapan sistem zonasi, yaitu pemerataan pendidikan. Edukasi serta sosialisasi masif dan terencana perlu disegerakan agar peserta didik dan orang tua paham akan aturan PPDB zonasi. Pemerataan pembangunan serta sumber daya manusia juga perlu dilakukan secara cepat dan tepat agar setiap sekolah di Indonesia dapat menjadi pelayan pendidikan dengan maksimal dan berkualitas.