Tunas Artama
Laboratorium Patologi Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Gadjah Mada, Yogyakarta

Published : 1 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 1 Documents
Search

ANALISIS GENETIKA MOLEKULER KUDA SUMBA BERDASARKAN URUTAN D-LOOP MITOKONDRIA Y, Yuriadi; Widayanti, Rini; Artama, Tunas
Jurnal Kedokteran Hewan Vol 8, No 1 (2014): March
Publisher : Universitas Syiah Kuala

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21157/j.ked.hewan.v8i1.1250

Abstract

Penelitian ini bertujuan mengkaji daerah nonkoding (D-loop) deoxyribonucleic acid (DNA) mitokondria kuda sumba. Tiga sampel darah kuda Sandel Wood dari Kabupaten Sumba Timur digunakan untuk isolasi DNA. Produk isolasi DNA diamplifikasi pada daerah D-loop parsial mitokondria dengan metode PCR, primer ECLOOP forward 5-CGCACATTACCCTGGTCTTG-3 dan primer ECLOOP reverse 5GAACCAGATGCCAGGTATG-3, pada kondisi predenaturasi 94 C selama 5 menit, denaturasi 94 C selama 30 detik, annealing 56 C selama 30 detik, elongation 72 C selama 45 detik, dan post elongation 72 C selama 5 menit sebanyak 35 siklus. Reaksi polymerase chain reaction (PCR) menghasilkan produk sepanjang 492 bp kemudian dilakukan pengurutan. Produk pengurutan D-loop dibandingkan dengan spesies kuda lain dari Genbank dan dianalisis menggunakan MEGA versi 4.1. Hasil analisis diperoleh 66 situs nukleotida yang berbeda. Urutan nukleotida D-loop yang dianalisis menggunakan Kimura 2- parameter ditemukan nilai paling kecil 0% dan nilai paling besar 2,9%. Konstruksi pohon filogenetika menggunakan metode neighbour joining dengan nilai bootstrap 1000 kali menunjukkan hubungan kekerabatan yang sangat dekat di antara kuda Sandel Wood. Artinya kuda Sandel Wood 2, 3, dan 4 berasal dari satu keturunan.