Anisakis spp. merupakan endoparasit yang bersifat zoonosis (penyakit pada ikan yang dapat ditularkan ke manusia). Infeksi pada manusia bersifat insidental, berdampak terhadap kesehatan manusia dan menyebabkan beberapa gejala seperti nyeri perut, mual, muntah dan reaksi alergi. Peningkatan produksi perikanan tangkap terutama ikan tuna dan cakalang memerlukan informasi mengenai food safety (keamanan pangan) ikan-ikan tersebut, metode pengolahan, dan orientasi ekspor. Hal inilah menjadi dasar dilakukan penelitian kajian prevalensi parasit Anisakis pada ikan tuna dan cakalang di Selat Makassar guna menunjang keberhasilan dunia perikanan baik dalam bidang penangkapan maupun budidaya tahun 2020 mendatang. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis mikrohabitat parasit Anisakis dalam tubuh ikan (usus, hati, otot, dan jantung) pada ikan tuna dan cakalang di Selat Makassar. Pengambilan sampel dilakukan di Tempat Pelelangan Ikan (TPI) Kasiwa Mamuju dan dianalisis di Laboratorium Parasit SKIPM Mamuju-Sulawesi Barat. Hasil penelitian menunjukkan, bahwa jenis parasit Anisakis spp. yang menginfeksi ikan Cakalang dan ikan Tuna tergolong dalam Anisakis tipe I yang ditandai dengan adanya boring tooth pada bagian ujung anterior dan mucron pada bagian ujung posterior.