Tanaman kemiri sunan (Reutealis trisperma (Blanco) Airy Shaw) merupakan tanaman potensial yang sebagai penghasil minyak nabati. Interaksi tanaman kemiri sunan dengan mikrob ditunjukkan dari potensinya sebagai sumber mikrob yang bermanfaat, baik berasal dari filosfer, rizosfer, dan endofit. Percobaan dilaksanakan di Laboratorium Nematologi, Departemen Proteksi Tanaman, Institut Pertanian Bogor, pada bulan Februari sampai Mei 2018. Penelitian meliputi (1) isolasi dan pemurnian bakteri filosfer, rizosfer, dan endofit; (2) uji keamanan hayati, yaitu uji hemolisis dan hipersensitif; (3) karakterisasi isolat bakteri, yaitu uji Gram, pelarut fosfat, dan kitinolitik; serta (4) uji antibiosis sebagai agens biokontrol terhadap patogen Fusarium oxysporum. Hasil isolasi bakteri dari tanaman kemiri sunan diperoleh sebanyak 35 isolat, yang terdiri dari filosfer 12, rizosfer 13, dan endofit 10. Kelimpahan populasi tertinggi adalah bakteri filosfer 75,9–82,0 x 104 cfu/ml. Pengujian keamanan hayati diperoleh informasi sebanyak 9% isolat bakteri berpotensi sebagai patogen mamalia dan 47,2% merupakan patogen tanaman sebesar 47,2%. Hasil uji Gram menunjukkan Gram positif lebih dominan (58,3%) dibandingkan dengan Gram negatif (41,6%). Isolat-isolat bakteri yang diperoleh belum menunjukkan potensinya sebagai pelarut fosfat dan kitinase, namun sebagai agens biokontrol terhadap patogen F. oxysporum penyebab penyakit layu pada tanaman tomat. Reaksi antibiosis dengan daya hambat tinggi adalah isolat bakteri endofit (b dan d), yaitu 72,5% dan 55%, sedangkan bakteri rizosfer (u) sebesar 60%, semuanya adalah Gram positif.