Perubahan iklim global salah satu penyebabnya adalah akibat meningkatnya gas rumah kaca seperti gas CO2 dan CH4 di atmosfir. Gas CO2 dapat terbentuk dari proses dekomposisi bahan karbon organik (C-organik) pada kondisi aerob, tetapi di alam gas CO2 dapat direduksi pada proses fotosintesis. Gas CH4 dapat terbentuk dari dekomposisi bahan C-organik pada kondisi anaerob dan di alam sedikit sekali tereduksi sehingga akan terakumulasi di atmosfir. Penggenangan lahan oleh waduk akan menenggelamkan kandungan C-organik tanah dan semua vegetasi di atas muka tanah yang berpotensi menjadi gas CO2 dan CH4 yang diemisikan dari permukaan waduk. Daerah penelitian waduk Jatigede luasnya sekitar 4.426,6 hektar dengan penggunaan lahan utama sebagai agroforestry seluas 2.084,1 hektar termasuk kebun dan pemukiman, sebagai sawah 2.213,9 hektar termasuk sawah irigasi dan tadah hujan, serta 122,2 hektar sebagai badan air. Banyaknya C-organik tanah dengan uji laboratorium dari sampel dengan luas sekitar 4.304,4 hektar adalah 185.605 ton. Kandungan C-organik vegetasi diukur secara tidak langsung dengan metode alometrik dari lahan agroforestry seluas 2.084,1 hektar sebanyak 135.754 ton. Dari total C-organik tanah dan vegetasi seberat 221.359 ton berpotensi menghasilkan 881.650 ton gas CO2 atau 295.145 ton gas metana CH4 atau kombinasi keduanya. Untuk mengurangi potensi pencemaran lingkungan, maka rekomendasi yang bisa dikemukakan untuk bakal waduk Jatigede dan waduk lain yang sedang atau belum dibangun, adalah menghilangkan semua vegetasi dari lahan bakal genangan dan membuat sabuk vegetasi yang rapat di sekeliling waduk.